Dưới sức ép của quân đội Trung Quốc và dân binh địa phương, với lương thực tiếp tế bị cắt đứt và quân đội của ông nay giảm xuống một phần ba vì bỏ trốn, bệnh tật và chết trận, Konishi buộc phải yêu cầu hòa giải. Lý Như Tùng đề nghị Konishi sắp xếp một cơ hội đàm phán để chấm dứt thế thù địch. Khi cuộc đàm phán đang tiến hành vào mùa xuân năm 1593, Trung Quốc và Triều Tiên đồng ý chấm dứt thù địch nếu quân Nhật cũng rút khỏi Triều Tiên. Tướng quân Konishi không còn lựa chọn nào khác trừ việc chấp nhận điều khoản này, nhưng rồi ông sẽ phải rất vất vả mới thuyết phục được Hideyoshi rằng ông không còn cơ hội nào khác.

Hideyoshi đề xuất với Trung Quốc việc phân chia Triều Tiên: phía Bắc là vùng đất vệ tinh tự trị của Trung Quốc, và phía nam vẫn nằm trong tay người Nhật. Đàm phán hòa bình phần lớn được Konishi Yukinaga, người chiến đấu chính với quân Trung Quốc, tiến hành. Lời đề nghị này được cân nhắc tới cho đến khi Hideyoshi yêu cầu thêm một công chúa Trung Quốc làm thiếp của mình. Sau đó, lời đề nghị nhanh chóng bị từ chối. Những cuộc đàm phán này được giữ bí mật với triều đình Triều Tiên.

Cho đến ngày 18 tháng 5, năm 1593, tất cả lính Nhật đã rút về nước. Mùa hè năm 1593, một đoàn sứ thần Trung Quốc viếng thăm Nhật Bản và ở lại triều đình của Hideyshi hơn một tháng. Triều đình nhà Minh rút phần lớn quân viễn chinh về, nhưng vẫn giữ 16.000 lính ở bán đáo Triều Tiên để đảm bảo thực hiện thỏa ước đình chiến.

Một sứ thần của Hideyoshi đến Bắc Kinh năm 1594. Phần lớn quân Nhật đã rời Triều Tiên trước mùa thu năm 1596; tuy vậy vẫn còn một tòa thành nhỏ ở Busan. Thỏa mãn với lời đề nghị của người Nhật, triều đình Bắc Kinh gửi sứ đoàn đến ban cho Hideyoshi tước hiệu "Vua của nước Nhật" với điều kiện hoàn toàn rút quân Nhật khỏi Triều Tiên.

Sứ thần nhà Minh gặp Hideyoshi tháng 10 năm 1596. Khi Hideyoshi gặp sứ thần nhà Minh, ông mặc triều phục nhà Minh, và khấu đầu với sứ thần Trung Hoa, thể hiện địa vị chư hầu của mình với nhà Minh Trung Quốc.[132] Tuy vậy, Hideyoshi không thể nhận được các đòi hỏi khác của mình (-kết hôn với con gái của Hoàng đế Vạn Lịch, có một Hoàng tử Triều Tiên làm con tin, và 4 đạo phía Nam Triên Tiên -) từ nhà Minh.[133]

Sau đó, Hideyoshi đơn phương hủy bỏ đàm phán. Đàm phán hòa bình nhanh chóng đổ vỡ và chiến tranh chuyển sang giai đoạn thứ hai khi Hideyoshi cử một đội quân xâm lược khác. Đầu năm 1597, cả hai bên trở về thế đối đầu.